Suivant les dispositions de l’accord d’Arusha, la Constitution prévoyait jusqu’ici un exécutif dirigé par un président de la République, secondé par deux vice-présidents. Ces derniers devaient appartenir à des groupes ethniques et des partis politiques différents.
Dans le Burundi de l’après référendum, la structure de l’exécutif n’exclut pas la possibilité d’avoir un président de la République et un Premier ministre (poste nouvellement créé) issus d’un même groupe ethnique, voire d’un même parti politique. Et il n’y a plus qu’un seul vice-président dont le rôle a été réduit : il ne serait qu’un « figurant », selon les détracteurs de la réforme.